Σε αλλαγές στο τουρνουά μπάσκετ των Ολυμπιακών Αγώνων συμφώνησαν η FIBA και η ΔΟΕ που θα ισχύσουν από αυτούς που θα διοργανωθούν στο Τόκιο. Έτσι αλλάζει το σύστημα διεξαγωγής το οποίο προβλέπει:  

Τρεις ομίλους των τεσσάρων ομάδων, όπου παίζουν όλοι με όλους. Στην προημιτελική φάση προκρίνονται οι δύο πρώτοι από κάθε όμιλο και οι δύο καλύτερες ομάδες που τερμάτισαν στην τρίτη θέση. Οι οκτώ ομάδες που θα συνεχίσουν την πορεία τους θα χωριστούν σε δύο νέους ομίλους.  

Οι τρεις πρώτοι κάθε ομίλου και ο καλύτερος δεύτερος μπαίνουν στο ένα γκρουπ και στο δεύτερο μπαίνουν, οι δύο δεύτερες ομάδες που έμειναν μαζί με τους δύο καλύτερους τρίτους. 

Στη συνέχεια, γίνεται κλήρωση μεταξύ των δυο γκρουπ και έτσι ορίζονται τα ζευγάρια των προημιτελικών. Με το νέο σύστημα οι παίκτες των ομάδων που θα φτάσουν στους δύο τελικούς, θα διεκδικήσουν το μετάλλιο δίνοντας συνολικά δύο αγώνες λιγότερους σε σχέση με το παρελθόν. Μέχρι το 2016, οι ομάδες της οκτάδας έδιναν οκτώ αγώνες, ενώ στο Τόκιο η τελική κατάταξη της οκτάδας θα κριθεί στους μάξιμουμ έξι αγώνες. Επιπλέον, οι ομάδες θα έχουν δύο μέρες ξεκούρασης μεταξύ των αγώνων των ομίλων και μία μέρα στην τελική φάση.