Ο Μάρκο Νίκολιτς ξεκίνησε την προπονητική του καριέρα στη Ραντ, χωρίς μισθό, με 60 παίκτες, τέσσερις μπάλες και δώδεκα κώνους στο χώμα στη Μπανίτσα.

Γεννημένος το 1979 στο Βελιγράδι, εγκατέλειψε την ποδοσφαιρική δράση στα 19. Εργάστηκε εθελοντικά δύο χρόνια. Με τη βοήθεια του Ράντομιρ Άντιτς πέρασε 40 ημέρες στη Ρεάλ Μαδρίτης.

Κατέκτησε νταμπλ με την Παρτιζάν (2016-17), πρωτάθλημα και Κύπελλο Ουγγαρίας με τη Βιντεοτόν, Κύπελλο Ρωσίας με Λοκομοτίβ και ΤΣΣΚΑ Μόσχας, Σούπερ Καπ με Σαμπάμπ Αλ Αχλί.

Τον Ιούνιο του 2025 ανέλαβε την ΑΕΚ, κατέκτησε το πρωτάθλημα και οδήγησε την ομάδα στο Champions League.