Η καλύτερη στιγμή της καριέρας του, ωστόσο, ήταν όταν σκόραρε στον τελικό με τον Ιωνικό με το χέρι το 1999 και το παραδέχθηκε αμέσως. Μάλιστα ο Νικολαΐδης είχε βραβευτεί με fair play γι’ αυτή την ενέργεια.

«Η πιο καλή στιγμή στην καριέρα μου δεν έχει να κάνει με γκολ. Αν θα έπρεπε να διαλέξω μια στιγμή θα ήταν ο τελικός με τον Ιωνικό που έβαλα γκολ με το χέρι και το παραδέχθηκα. Αυτή θα ήταν και όχι ένα τρομερό ματς ή ένα πολύ καλό γκολ. Αυτή τη στιγμή διαλέγω ως την πιο ωραία που είχα στο ποδόσφαιρο», είπε ο Ντέμης Νικολαΐδης για την καλύτερη στιγμή της καριέρας του.