Ο Έλληνας αμυντικός αναδείχθηκε από τις Ακαδημίες του «Τριφυλλιού» και μετά από ένα πέρασμα από το εξωτερικό επέστρεψε στο «σπίτι» του, έχοντας φέτος φανέλα βασικού.

Λίγο καιρό μετά την επέκταση της συνεργασίας του με τον Παναθηναϊκό λοιπόν, ο Βαγιαννίδης έφτασε και τις 100 συμμετοχές με την πράσινη φανέλα, αφού ξεκίνησε βασικός στο κομβικό ντέρμπι με την ΑΕΚ.