O Θόδωρος Ζαγοράκης πήρε άμεσα θέση σχετικά με το ζήτημα της άρσης ασυλίας του από το ευρωκοινοβούλιο, που προέκυψε μετά το παραπεμπτικό βούλευμα που εξέδωσε το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών Θεσσαλονίκης με τις κατηγορίες περί υπεξαίρεσης και απιστίας. Σε δήλωσή του ο πρώην πρόεδρος της ΠΑΕ και νυν ευρωβουλευτής τονίζει: 

“Με αφορμή δημοσιεύματα που αφορούν στην πορεία της δικαστικής διερεύνησης της υπόθεσης των οικονομικών της ΠΑΕ ΠΑΟΚ, κατά τη διάρκεια της θητείας μου ως πρόεδρος της, θα ήθελα να αποσαφηνίσω τα έξης:

Αμέσως μόλις αποσταλεί σχετικό αίτημα άρσης της ασυλίας μου στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο,  θα ζητήσω ο ίδιος από τους βουλευτές του Ε.Κ, την άρση της ασυλίας μου, προκειμένου να διευκολύνω την Ελληνική Δικαιοσύνη στην πλήρη διαλεύκανση της υπόθεσης. Έχω απόλυτη εμπιστοσύνη στην  Ελληνική Δικαιοσύνη και  έθεσα από την πρώτη στιγμή τον εαυτό μου στη διάθεσή της, βέβαιος για την αθωότητα μου”.