Σαν σήμερα πριν από 110 χρόνια ιδρύθηκε ο Ηρακλής. Το ημερολόγιο στην Τουρκοκρατούμενη τότε Θεσσαλονίκη έδειχνε 29 Νοεμβρίου του 1908 και μια ομάδα ανθρώπων με επικεφαλής τον Γιατρό Α. Μάλτο ίδρυσαν τον αρχαιότερο σύλλογο της συμπρωτεύουσας και αυτό του το ιδιαίτερο χαρακτηριστικό τού έδωσε το «Γηραιός».

Τα χρώματά του (μπλε και άσπρο) τα δανείστηκε από την κυανόλευκη ελληνική σημαία, θέλοντας να δηλώσει την εθνικότητα των μελών του στη σκλαβωμένη τότε Πόλη.

Οι ρίζες του Ηρακλή ξεκινάνε από το μακρινό 1899  και από τον «Όμιλο Φιλομούσων», σωματείο μουσικού και φιλολογικού  περιεχομένου. Το 1902 μέλη του ομίλου αποφασίζουν να εντάξουν τον αθλητισμό στον όμιλο τους και σε συνεννόηση με την Ελληνική Κοινότητα Θεσσαλονίκης, παραχωρείται στους αθλητές του ομίλου το γυμναστήριο της ελληνικής κοινότητας, ώστε να μπορούν να αθλούνται.

Την ίδια περίπου εποχή ομάδα νέων αθλούνταν σε ένα ιδιωτικό γυμναστήριο στην περιοχή του Συντριβανίου πίσω από την οδό Εθνικής Αμύνης. Αυτή ήταν η αρχή για να ακολουθήσει στην συνέχεια η δημιουργία νέων τμημάτων όπως ποδοσφαίρου, κολύμβησης και ποδηλασίας.

Από την αρχή, όμως, ο σύλλογος άρχισε να αντιμετωπίζει οικονομικά προβλήματα, τα οποία λύθηκαν με την συνένωση του ομίλου με την ομάδα «Ολυμπία» που σχημάτισαν το 1908 τον Μακεδονικό Γυμναστικό Σύλλογο «Ο Ηρακλής», ο οποίος μετά από πιέσεις του καθεστώτος των Νεοτούρκων μετονομάστηκε σε Οθωμανικό Σύλλογο Θεσσαλονίκης «Ο Ηρακλής».

Η τροπαιοθήκη του Ηρακλή:

Ποδόσφαιρο 
1 Κύπελλο
1 Βαλκανικό Κύπελλο

Μπάσκετ Αντρών 
2 Πρωταθλήματα 

Μπάσκετ Γυναικών
3 Πρωταθλήματα

Βόλεϊ 
5 Πρωταθλήματα
6 Κύπελλα
4 Σούπερ Καπ 

Στίβος

7 Διασυλλογικά Πρωταθλήματα
8 Πρωταθλήματα Αντρών Ανοιχτού στίβου
1 Πρωτάθλημα Γυναικών Ανοιχτού Στίβου
1 Πρωτάθλημα Στίβου Αντρών Μαραθωνίου
3 Πρωταθλήματα Στίβου Γυναικών Μαραθωνίου
4 Πρωταθλήματα Ανωμάλου Δρόμου Αντρών
2 Πρωταθλήματα Ανωμάλου Δρόμου Γυναικών 

Πάλη
18 Πρωτάθλημα Αντρών

Τζούντο
7 Πρωταθλήματα 

Ράγκμπι
1 Πρωτάθλημα 

Ξιφασκία 
1 Κύπελλο Γυναικών
1 Πρωτάθλημα Αντρών

Ποδηλασία
1 Πρωτάθλημα Ποδηλασίας Δρόμου