Για την τρίτη φάση του κυπέλλου Ελλάδας αρχικά είχαν προγραμματιστεί 12 ματς για την Τετάρτη 13/9. Το ένα ωστόσο ανάμεσα στην Ιεράπετρα και τον Καμπανιακό ματαιώθηκε, καθώς η Ιεράπετρα απέσυρε την συμμετοχή της από την διοργάνωση και θα προκριθεί ο Καμπανιακός άνευ αγώνα.

Το άλλο ανάμεσα στην Ζάκυνθο και την Νίκη Βόλου αναβλήθηκε για την Τετάρτη 20 Σεπτεμβρίου, έπειτα από αίτημα της Νίκης Βόλου, καθώς επηρεάστηκε η προετοιμασία της, εξαιτίας των πλημύρων στην περιοχή. Το πρόγραμμα της τρίτης φάσης του κυπέλλου διαμορφώθηκε πλέον ως εξής:

Τετάρτη 13 Σεπτεμβρίου
Πανθρακικός – Εθνικός (15:00)
Ζάκυνθος – Νίκη Βόλου (16:00)
Απόλλων Παραλιμνίου – Αλεξανδρούπολη (16:00)
Μακεδονικός – Αιγάλεω (16:00)
Κοζάνη – Ηρακλής (16:00)
Ηλιούπολη – Λεβαδειακός (16:00)
Αστέρας Σταυρού – Γιούχτας (16:00)
ΑΟ Χανιώτης – Τηλυκράτης (16:00)
Παναργειακός – Παμβουπρασιακός (16:00)
Ιωνικός – Athens Kallithea (16:00)
Αχαρναϊκός – Παναχαϊκή (16:00)
Κυριακή 17 Σεπτεμβρίου
Χανιά – Απόλλων Πόντου (16:00)
Αιολικός – Αναγέννηση Καρδίτσας (16:00)
Τετάρτη 20 Σεπτεμβρίου
Ζάκυνθος – Νίκη Βόλου (16.00)