Μία ομάδα αθλητών με επικεφαλής τον Γιώργο Καλαφάτη αποχώρησαν από τον Πανελλήνιο Γυμναστικό Σύλλογο μετά την κατάργηση του ποδοσφαιρικού τμήματος και δημιούργησαν σύλλογο με αρχικό όνομα Ποδοσφαιρικός Όμιλος Αθηνών (ΠΟΑ). Ήταν 3 Φεβρουαρίου του 1908.
Ι

δρυτικά μέλη ήταν ο αδερφός του Γιώργου Καλαφάτη, Αλέξανδρος, και οι Δουκάκης, Μπούμπουλης, Χρύσης, Γρανίτσας, Μαντζάκος, Παπαγεωργίου, Γαέτας, Δεμερτζής, Σταυρόπουλος, Πάσχος, Μισακιάν, Ρέππας, Σαπούνιας και Γαρουφαλιάς.
Το όνομα Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος δόθηκε στο σύλλογο το 1924 κι αφού πρώτα είχε ονομαστεί Πανελλήνιος Ποδοσφαιρικός Όμιλος (1910), Πανελλήνιος Ποδοσφαιρικός Αγωνιστικός Όμιλος (1918) και Παναθηναϊκός Ποδοσφαιρικός Αγωνιστικός Όμιλος (1922).

Ο σύλλογος υιοθέτησε το πράσινο χρώμα και το έμβλημα του τριφυλλιού, το οποίο σχεδίασε ο Γιώργος Χατζόπουλος, διευθυντής της Εθνικής Πινακοθήκης και μέλος του Παναθηναϊκού. Το τριφύλλι χάρισε στον Παναθηναϊκό, ο αθλητής και μετέπειτα γενικός γραμματέας Μιχάλης Παπάζογλου, ο οποίος το φορούσε στην ομάδα Χαλκηδόνα της Κωνσταντινούπολης όπου αγωνιζόταν.

Με την πάροδο των ετών ο Παναθηναϊκός εμπλουτιζόταν με άλλα τμήματα, στίβου (1919), βόλεϊ (1919), μπάσκετ (1922), πινγκ πονγκ (1924), ποδηλασίας (1928), σκοποβολής (1928), χόκεϊ επί χόρτου (1928), μπιλιάρδου (1929), κολύμβησης (1930), πόλο (1930), χάντμπολ (1930), πυγμαχίας (1947), καταδύσεων (1947), άρσης βαρών (1959), σκακιού (1959), ξιφασκίας (1960) και πάλης (1966).

Η τροπαιοθήκη του συλλόγου είναι πολύ μεγάλη. Το ποδοσφαιρικό τμήμα έχει 47 κύπελλα (20 πρωταθλήματα, 18 κύπελλα και μεγαλύτερη στιγμή τη συμμετοχή στον τελικό του πρωταθλητριών το 1971), αυτό του μπάσκετ 56 (6 πρωταθλήματα Ευρώπης, 1 Διηπειρωτικό, 34 πρωταθλήματα και 15 κύπελλα), ενώ πολλές είναι οι διακρίσεις στο βόλεϊ και τα υπόλοιπα αθλήματα.