Την πρόκριση στην τελική φάση των ομίλων του Κυπέλλου πήραν σήμερα έξι ομάδες, με δύο ζευγάρια ακόμα να μένουν σε εκκρεμότητα. 

Μάλιστα οι νικητές των ματς θα συναντηθούν στον τελικό κάθε ομίλου, από όπου θα προκύψουν οι τέσσερις Κυπελλούχοι που θα συνεχίσουν στο θεσμό. 

Αναλυτικά, τα αποτελέσματα της τρίτης αγωνιστικής των ομίλων του Κυπέλλου: 
1ος όμιλος 
Απόλλων Καλαμαριάς-Ορφέας Ξάνθης 4-1 
ΑΠΕ Λαγκαδά-Αλμωπός Αριδαίας 2-1 

2ος όμιλος 
Απόλλων Λάρισας-ΑΕ Καραϊσκάκης 2-3 (1-1 κ.α, 2-2 παρ) 
Πύδνα Κίτρους-Νίκη Βόλου 2-3 

3ος όμιλος 
ΑΟ Ζευγολατιού-Παναχαϊκή 0-1 
Αστέρας Αμαλιάδας-Αχαϊκή (11/1/2017) 

4ος όμιλος 
Άγιος Ιερόθεος-Κηφισιά 3-5 πεν. (1-1 κ.α. και παρ.) 
Ατσαλένιος-Ρόδος (11/1/2017) 

Η τελική φάση των 4 ομίλων (22/2/2017): 
1ος όμιλος 
Λαγκαδάς-Απόλλων Καλαμαριάς 
2ος όμιλος 
Καραϊσκάκης-Νίκη Βόλου 
3ος όμιλος 
Παναχαϊκή-Νικητής του Αστέρας Αμαλιάδας-Αχαϊκή 
4ος όμιλος 
Κηφισιά – Νικητής του Ατσελένιος-Ρόδος